A abelha brasileira, Melipona rufiventris, vulgarmente conhecida como Uruçu Amarela, apesar do potencial ecológico e econômico, assim como as demais espécies desse grupo, tem sofrido bastante com a devastação ambiental provocada pelo homem, principalmente por conta da constante especulação agropecuária das regiões onde a espécie é endêmica, o que a colocou dentro da categoria de espécies ameaçadas de extinção pelo ICMBio. Porém, deve-se haver cautela quanto a esse enquadramento, principalmente pelo fato de se tratar de uma espécie com taxonomia indefinida. Assim, vê-se a necessidade do uso de marcadores moleculares, para não só solucionar essa questão, como também para identificar o perfil genético das populações presentes no Brasil de forma a auxiliar nas estratégias de conservação. Baseado nisso, o objetivo principal desse trabalho foi realizar um estudo genômico de frequência e abundância dos microssatélites na abelha-sem-ferrão Melipona rufiventris, M. subnitida e M. fasciculata utilizando a tecnologia do Sequenciamento de Nova Geração (NGS) e identificar e desenvolver marcadores microssatélites específicos e heteroespecíficos para M. rufiventris com validação feita por meio de inferência populacional de abelhas presentes em Minas Gerais, Goiás e Piauí. Para isso, de parcela do genoma, uma plataforma de base de dados de sequências foi gerada, a partir do qual foram selecionadas e identificadas regiões microssatélites com potencial para estudos genéticos. No geral, obtevese um total de 3.495 (137.313 contigs), 11.869 (47.081 contigs) e 93.588 SSRs (141.412 contigs), presentes em M. rufiventris, M. fasciculata e M. subnitida, respectivamente. Os tipos de microssatélites mais frequentes foram di e trinucleotideos, comuns em regiões neutras do DNA. Trinta e sete marcadores heteroespecificos (19 de M. subnitida e 18 de M. fasciculata) foram utilizados em M. rufiventris, sendo que maior parte da transferência foi relacionada à espécie M. subnitida, comprovada sua eficácia por meio de pequeno estudo populacional. De 25 marcadores desenvolvidos especificamente para M. rufiventris, 16 foram polimórficos, sendo capaz de demonstrar, como esperado, alta diferenciação genética (FST=0,252, RST=0317 e Dest= 0,284) entre as populações de Goiás, Minas Gerais e Piauí. Por meio desse trabalho de Tese, obtivemos um conjunto de novos marcadores eficazes para inferências populacionais em abelhas M. rufiventris, corroborando inclusive com as suspeitas de que as populações, presentes nos biomas Cerrado, Caatinga e Mata Atlântica possam ser subespécies diferentes.