O Omeprazol é um fármaco da terapêutica gástrica, e com uso prolongado pode acarretar instabilidade genética. O estudo objetivou avaliar os efeitos toxicogenéticos do Omeprazol (genotóxicos, apoptóticos, oxidativos e tóxicos) em células de mucosa bucal, estomacal (corpo e antro) e sanguíneas, de pacientes com gastrite, bem como, suas correlações com fatores de risco para instabilidade genética. Participaram da pesquisa 137 pacientes submetidos a endoscopia digestiva alta, atendidos no Hospital Getúlio Vargas, Teresina – PI, no período de maio a outubro de 2017, os quais foram separados em grupos: sem gastrite (26 pacientes); gastrite (23 pacientes); gastrite + H. pylori (16 pacientes); sem gastrite + omeprazol (22 pacientes); gastrite + omeprazol (25 pacientes); gastrite + H. pylori + omeprazol (25 pacientes). Foram aplicados questionários de saúde. A avaliação genotóxica e apoptótica foi feita com o Ensaio Cometa, e a tóxica em sangue periférico. O Omeprazol induziu genotoxicidade em células do antro, corpo e mucosa bucal comparado ao grupo sem gastrite, sem diferenças em relação a coinfecção com H. pylori. Esses danos podem ser atribuídos a estresse oxidativo, como observado pelo aumento da superóxido dismutase e catalase e pelas correlações estatísticas dessas enzimas com aumento de danos ao DNA, bem como com o uso de fármacos, substâncias químicas e etilismo. Em células sanguíneas não foram observados efeitos tóxicos. Os resultados apontam que o OME induz instabilidade genética, e que o biomonitoramento clínico é uma estratégia para a segurança terapêutica em relação aos riscos de câncer de estômago.