O parasita Leishmania infantum é o agente causador da leishmaniose visceral, doença infeciosa que atinge países das regiões tropicais e subtropicais do mundo, entre eles o Brasil. Na região Nordeste do país se destacam os estados do Piauí e Maranhão, com elevado número de casos. Interações entre hospedeiro e parasita deflagram a patogênese da doença e ambos contribuem para o desenvolvimento da mesma. Os avanços na tecnologia do sequenciamento de nova geração permite a comparação genômica entre isolados de Leishmania e a identificação de variantes que possam estar associadas à virulência do patógeno. Vários componentes microbianos, fatores de virulência, são determinantes para o desenvolvimento da virulência por facilitar a entrada e a evasão das defesas do hospedeiro, favorecer a replicação, neutralização da resposta imune e a capacidade de adquirir nutrientes e sentir as mudanças do meio ambiente. Variações encontradas nestes fatores de virulência constituem alvos para a produção de medicamentos e desenvolvimento de vacinas contra a doença. Após a verificação de que existe um fator intrínseco ao parasita, que permite ao parasita a multiplicação diferencial in vitro para diferentes desfechos da doença, utilizou-se a Plataforma Illumina de Sequenciamento de Nova geração, para sequenciar 30 genomas de Leishmania infantum originados dos estados do Piauí e Maranhão. Estes genomas foram analisados descritivamente quanto a quantidade de variações (SNPs e InDels) quando comparados ao genoma de referência. O tipo de região do genoma e o impacto que causam também foram descritos, além da estruturação populacional. Os resultados mostraram que a quantidade entre os tipos de variantes foram semelhantes entre os isolados, com média de 1.188 SNPs, 1.194 inserções e 1.132 deleções. Destas, a maioria estavam presente em regiões intergênicas do genoma e tinham impacto modificador. As análises de ploidia mostraram aneuploidia, característica da espécie, e a análise de estruturação genética mostrou a presença de duas populações de Leishmania entre os estados do Piauí e Maranhão. Os dados revelam que existe uma diferenciação entre isolados que pode ser explorada para a identificação de mutações associadas à virulência do parasita que influencia a patogênese da doença. A identificação dos SNPs associados à quantificação da citocina IL-6, citocina inflamatória associada à gravidade da leishmaniose visceral, realizada utilizando inteligência artificial e estatística clássica, demonstrou a existência de cinco SNPs associados com os desfechos de 100 pg/mL e 300 pg/mL de IL-6, simultaneamente, sendo, portanto fortes candidatos a fatores de virulência de L. infantum relacionados a uma das vias de resposta inflamatória da doença.