O parasita Leishmania infantum é o agente causador da leishmaniose visceral, doença infeciosa que atinge países das regiões tropicais e subtropicais do mundo, entre eles o Brasil. Na região Nordeste do país se destacam os estados do Piauí e Maranhão, com elevado número de casos. Interações entre hospedeiro e parasita deflagram a patogense da doença e ambos contribuem para o desenvolvimento da mesma. Os avanços na tecnologia do sequenciamento de nova geração permite a comparação genômica entre isolados de Leishmania e a identificação de variantes que possam estar associadas à virulência do patógeno. Vários componentes microbianos, fatores de virulência, são determinantes para o desenvolvimento da virulência por facilitar a entrada e a evasão das defesas do hospedeiro, favorecer a replicação, neutralização da resposta imune e a capacidade de adquirir nutrientes e sentir as mudanças do meio ambiente. Variações encontradas nestes fatores de virulência constituem alvos para a produção de medicamentos e desenvolvimento de vacinas contra a doença. Após a verificação de que existe um fator intrínseco ao parasita que permite ao parasita a multiplicação diferencial, in vitro para diferentes desfechos da doença, utilizou-se a Plataforma Illumina de Sequenciamento de Nova geração, para sequenciar 30 genomas de Leishmania infantum originados dos estados do Piauí e Maranhão. Estes genomas foram analisados descritivamente quanto a quantidade de variações (SNPs e InDels) quando comparados ao genoma de referência. O tipo de região do genoma e o impacto que causam tbm foram descrito, além da estruturação populacional. Os resultados mostraram que quantidade entre os tipos de variantes foram semelhantes entre os isolados, com média de 1.188 SNPs, 1.194 inserções e 1.132 deleções. Destas, a maioria estavam presente em regiões intergênicas do genoma e tinham impacto modificador. As análises ploidia mostraram a aneuploidia característica da espécie e a análise de estruturação genética mostrou a presença de duas populações de Leishmania entre os estados do Piauí e Maranhão. Os dados revelam que existe uma diferenciação entre isolados que pode ser explorada para a identificação de mutações associadas à virulência do parasita que influencia a patogênese da doença.