O uso de sementes de qualidade é essencial para manutenção e/ou aumento da produtividade da cultura da soja, no entanto, geralmente são infestadas por patógenos, principalmente por fungos, e o controle destes tem-se dado especialmente através de fungicidas comerciais. Porém, a utilização de produtos químicos comerciais além de prejudicial à saúde humana e ao ambiente, podem inibir a formação de compostos secundários das plantas, como as fitoalexina, tornando-as suscetíveis ao ataque de patógenos. Assim, é importante avaliar o efeito fungitóxico e indução de compostos secundários por subprodutos orgânicos em sementes de soja. O estudo foi desenvolvido no laboratório de fitotecnia da Universidade Federal do Piauí/Campus Professora Cinobelina Elvas. No teste de sanidade, adotou-se o delineamento inteiramente casualizado (DIC), em esquema fatorial 3 x 5 (três subprodutos: vinhaça-V, manipueira-M e V+M, em cinco concentrações: 0, 25, 50, 75 e 100%), com 8 repetições de 25 sementes. Na avaliação da indução de fitoalexina adotou-se o DIC em esquema fatorial (3 x 4) + 1 constituído por três subprodutos, descritos anteriormente, com quatro concentrações (25, 50, 75 e 100%), mais uma testemunha adicional, com 5 repetições/tratamento. A vinhaça apresentou maior capacidade de inibição dos gêneros Aspergillus, Cladosporium e Penicillium, principalmente com o aumento das concentrações, sendo explicado pela correlação positiva entre suas concentrações (até a concentração de 75%) com a indução de fitoalexina, composto de defesa contra ataques de patógenos. A vinhaça é o subproduto mais recomendado, dos utilizados, no controle fúngico em sementes de soja.