A qualidade das sementes de soja pode ser afetada por diversos fatores, entre eles tem-se os danos ocasionados por patógenos, dentre os quais destacam-se os de origem fúngica que são os principais alvos dos tratamentos químicos utilizando principalmente os fungicidas comerciais. Porém, os produtos químicos comerciais podem afetar negativamente à saúde humana e ao ambiente, inibir a formação de compostos secundários que podem vir atuar como mecanismo de defesa, além de promover o surgimento de espécies resistentes na área. Assim, é importante avaliar medidas alternativas de controle, como subprodutos orgânicos e óleos essenciais, que possam atuar na qualidade sanitária e fisiológica de sementes de soja. O estudo foi desenvolvido no laboratório de fitotecnia da Universidade Federal do Piauí/Campus Professora Cinobelina Elvas. Com os subprodutos orgânicos foram realizados testes de sanidade, indução de fitoalexina e qualidades fisiológicas, conduzidos em delineamento inteiramente casualizado (DIC). O teste de sanidade foi montado em esquema fatorial 3 x 5 (dois subprodutos: vinhaça-V, manipueira-M e a junção entre estes - V+M, em cinco concentrações: 0, 25, 50, 75 e 100%), com 8 repetições/tratamento. Na indução de fitoalexina adotou-se esquema fatorial (3 x 4) + 1 – dois subprodutos e sua junção, já descritos, com quatro concentrações (25, 50, 75 e 100%), mais uma testemunha adicional - com 5 repetições/tratamento, e para as qualidades fisiológicas esquema fatorial 3x5, descrito acima, com quatro repetições/tratamento. Com os óleos essenciais avaliou-se a sanidade e as qualidades fisiológicas das sementes, ambos conduzidos em DIC. O teste de sanidade foi montado em esquema fatorial 2x5, constituído de dois óleos essenciais extraídos dos híbridos Eucalyptus grandis x teresticonis (HEgt) e Eucalyptus grandis x urophylla (HEgu), com cinco doses (0; 0,5; 0,75; 1,0 e 2,0 µl.mL-1), utilizando oito repetições/tratamento, e para qualidades fisiológicas esquema fatorial 2x4+1, constituído por 2 óleos essenciais, descritos acima, em 4 doses (0,5; 0,75; 1,0 e 2,0 µl.mL-1), mais uma testemunha adicional, usando quatro repetições/tratamento. Dos subprodutos orgânicos estudados a vinhaça apresentou maior capacidade de indução de fitoalexina e inibição dos gêneros Aspergillus, Cladosporium e Penicillium, principalmente nas concentrações de 75 e 100%, não inibindo as qualidades fisiológicas das sementes. Ambos os óleos mostram-se eficientes no controle dos gêneros Fusarium e Cladosporium com melhores resultados nas doses de 1,0 e 2,0 µl.mL-1. Apesar de maior eficiência no controle sanitário, o óleo do HEgu afeta negativamente as qualidades fisiológicas das sementes. Recomenda-se o uso do óleo do HEgt na dose de 2,0 µl.mL-1, pois além de eficiente no controle fitossanitário, não prejudica as qualidades fisiológicas das sementes.