A desinfecção intracanal é essencial para o sucesso do tratamento endodôntico, evitando reinfecção endodônticas a longo prazo. O digluconato de clorexidina pode atuar como agente irrigante, porém pode causar irritação aos tecidos em altas concentrações. Por isso são estudadas combinações com outros agentes antimicrobianos e alternativas terapêuticas mais eficientes, que possibilitem administrar os fármacos com mais segurança e com efeitos adversos minimizados. Assim, o objetivo deste estudo foi desenvolver uma microemulsão contendo digluconato de clorexidina e Lippia sidoides para ser usada como uma substância de desinfecção de canais radiculares,e avaliar seu perfil de substantividade eatividade antimicrobiana. As microemulsões foram obtidas através de diagramas de fase, pelo método de formação espontânea. Foi realizada a caracterização físico-química e avaliada a estabilidade das microemulsões, além do perfil de substantividade em modelo de dentina radicular bovina e efeito antibacteriano in vitro. Um método para quantificação da clorexidina foi desenvolvido usando espectroscopia UV-Vis. As microemulsões possuem pH ácido, condutividade acima de 1,3 µScm-¹ e índice de dispersão semelhante ao da água. As microemulsões apresentaram halos de inibição semelhantes ao gel comercial utilizado convencionalmente, porém 4 vezes mais substantividade aos tecidos dentinários. As microemulsões foram obtidas como uma alternativa terapêutica às formulações disponíveis no mercado, apresentando-se como um sistema com grande potencial de utilização para a administração de fármacos para desinfecção de canais radiculares.