INTRODUÇÃO: O microbioma oral apresenta um papel fundamental na manutenção da saúde ou no desenvolvimento de doenças bucais. Por sua vez, os vernizes fluoretados (VF) foram desenvolvidos para prolongar o tempo de contato entre o fluoreto (F) e o esmalte, pois se aderem à superfície do dente por períodos mais longos e evitam a perda imediata de F após a aplicação. Entretanto, o efeito do uso da aplicação dos VF sobre a diversidade microbiana é desconhecido. OBJETIVO: Avaliar o efeito da aplicação do Verniz Fluoretado na diversidade de microorganismos que compõem o microbioma salivar. MATERIAIS E MÉTODOS: Será realizado um estudo laboratorial com amostras de um estudo in vivo, onde participantes que receberam a aplicação do VF Duraphat foram orientados a coletar 3 ml de saliva por meio da técnica de expectoração, antes e em diferentes tempos após a aplicação. As amostras obtidas formam armazenadas em freezer a – 20°C até o momento das análises. Após centrifugação do material, o DNA será extraído com auxílio de um kit de extração genômica e em seguida será realizado o sequenciamento genético, que utilizará o segmento 16S do rRNA e suas regiões hipervariáveis como marcador taxonômico, aplicando primers universais. O sequenciamento de próxima geração será executado pela plataforma IlluminaMiseq e os dados obtidos serão alinhados com bancos de dados genômicos. A análise estatística será descritiva, baseada nas diferenças microbianas pré e pós exposição do VF considerando as diversidades alfa, beta e abundância relativa.