Banca de DEFESA: MARCIO DA SILVA COSTA
Uma banca de DEFESA de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.DISCENTE: MARCIO DA SILVA COSTA
DATA: 21/03/2014
HORA: 14:30
LOCAL: Auditório da Pós-Graduação em Ciência Animal - CCA
TÍTULO:
Associação genômica ampla e replicação de estudos para características de crescimento em bovinos da raça Nelore
PALAVRAS-CHAVES:
Bos indicus, GWAS, peso ao desmame, peso ao nascer, peso ao sobreano, replicação, SNPs
PÁGINAS: 80
GRANDE ÁREA: Ciências Agrárias
ÁREA: Zootecnia
SUBÁREA: Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
RESUMO:
A produção de carne bovina no Brasil é quase exclusivamente devido à raça Nelore, o que tem permitido o país ser o maior exportador de carne bovina no mundo. Embora apresente um rebanho com mais 212 milhões de cabeças de gado, os índices de produtividades ainda são considerados baixos. Assim, as características de crescimento têm sido utilizadas nos programas de melhoramento genético com o objetivo de promover melhores rendimentos. Com o advento do sequenciamento de genomas de espécies de interesse econômico, como a bovina, tornou-se possível acesso amplo às informações genéticas, graças à técnica de SNP Chip ou microarrays. De posse do fenótipo, dos polimorfismos genéticos e modelos estatísticos é possível fazer associação entre variações no genoma e a característica de interesse, denominado de Estudo de Associação Genômica Ampla-GWAS. O objetivo neste trabalho é identificar regiões cromossômicas associadas aos fenótipos de pesos ao nascimento, ao desmame e ao sobreano. Realizar levantamento de genes relacionados a características de crescimento nestas regiões e replicar um estudo de GWAS para peso ao nascer. Foram utilizados dados de touros e vacas de uma associação de pecuaristas voltadas para o melhoramento genético das raças Nelore, Hereford e Bradford. Foram estimados os Estimated Breeding Values - EBVs de 915 e 980 touros, respectivamente, para peso ao desmame – PD e peso ao sobreano – PS, em seguida desregredidos e utilizados como fenótipo. A genotipagem foi realizada com o SNP Chip HD Bovine que contém mais 700.000 polimorfismos possíveis. A associação genômica foi realizada pelo método FASTA e os valores de –log10 p obtidos para cada SNPs foram representados em Manhattan Plot. A região do genoma que contêm os SNPs significativos foi conferida por uma intervalo de 1 Mb, tendo como centro o pico mais alto. Para a replicação de um estudo realizado previamente para peso ao nascer - PN em 649 touros (primeiro estudo), estimou-se também EBVs para PN de 1.256 vacas e seguiu-se à mesma metodologia de associação proposta pelo primeiro estudo. Também se realizou GWAS com os fenótipos naturais ajustados de 761 vacas com abordagem analítica FASTA, diferente da realizada com os EBVs das vacas. Como resultados de GWAS tem mostrado que o gene Adenoma Pleiomorphic 1 - PLAG1 está associado a características de crescimento em humanos e bovinos, tentou-se validar estes achados através de uma meta-análise envolvendo o primeiro estudo (EBVs de 649 Touros) com os resultados encontrados neste trabalho (EBVs de 1.256 vacas). Como existem basicamente dois chips para estudo em GWAS para bovino, o chip HD e o 50K (mais de 50.000 polimorfismos possíveis), tentou-se observar se os achados pelo chip HD não foram mascarados pelo de 50K, uma vez que este tem cobertura menor no genoma e foi otimizado para Bos taurus. Os resultados mostram associações entre regiões genômicas nos cromossomos 5, 12, 14, 25, 28 para PD e 3, 5, 7, 14, 17, 22, para PS. O cromossomo 5 apresenta a mesma região para PD e PS, no entanto, dentro de uma região de 1Mb não foi estabelecido nenhum gene referenciado com características de crescimento, diferente do cromossomo 14, que não apresenta a mesma região associadas ao PD e PS. A replicação mostra que os resultados já encontrados são reproduzidos indicando que associações reportadas são verdadeiras e se replica para amostras maiores e independentes. A meta-análise para 311.880 SNPs mostra para o ajuste Bonferroni nível de significância de α = 1,60 x 10-7. Os resultados da associação para o chip de 50K na região PLAG1 mostra que a densidade do marcador e conteúdo de informação polimórfica foram suficientes para a detecção das associações entre PN. As diferenças de tamanho das amostras, a abordagem analítica e definição do fenótipo resultaram em uma associação menos significativa quando se utilizou a análise baseada em fenótipos naturais e componentes de variância (P = 6,81 x 10-7).
MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1550485 - JOSE LINDENBERG ROCHA SARMENTO
Interno - 1167774 - JOSE ELIVALTO GUIMARAES CAMPELO
Externo ao Programa - 012.068.217-60 - ADRIANA MELLO DE ARAÚJO - EMBRAPA
Externo ao Programa - 1737174 - FABIO BARROS BRITTO
Externo à Instituição - ADRIANA SANTANA DO CARMO - UNESP