Dentre as oftalmopatias as úlceras de córnea são as de maior prevalência, constituindo-se uma emergência oftalmológica. Pesquisas envolvendo células-tronco têm demonstrado sua eficiência em tratamentos de oftalmopatias. Assim, este trabalho visa avaliar o efeito da utilização de células-tronco mesenquimais de medula óssea de coelho (CTMMO-co), infundidas pela via subconjuntival, no tratamento da úlcera de córnea profunda induzida em coelhos, comparando com a técnica cirúrgica de enxerto corneoconjuntival. Foram utilizadas células-tronco mesenquimais de medula óssea (CTMMO) isoladas e caracterizadas por meio de citometria de fluxo e diferenciação em três linhagens celulares, no Núcleo Integrado de Morfologia e Pesquisas com células-tronco - NUPCelt/UFPI (Alencar, 2017). Foram utilizadas 24 coelhas da raça nova Zelândia, adultas, hígidas, divididas em dois grupos com 12 animais. O Grupo CT, que recebeu infusão de CTMMO-co pela via subconjuntival, na concentração de 1x106 e o grupo GE, que foi submetido à técnica cirúrgica de enxerto córneoconjuntival. Cada grupo foi dividido em subgrupos CT-7, CT-15 e CT-30; GE-7, GE-15 e GE-30, de acordo com o tempo de enucleação do globo ocular e retirada das córneas para as análise histopatológica e de imunoistoquímica. As CTMMO-co infundidas nos animais do grupo CT, foram, previamente, marcadas com nanocristais fluorescentes (Q-tracker®) inclusos no citoplasma. Foram avaliados diariamente por 30 dias os sinais clínicos com auxílio de biomicroscópio com lâmpada de fenda (SL-15 Kowa), oftalmoscópio direto, lâmpada halógena-penlite, e tiras impregnadas com fluoresceína (Ophthalmos). Até esta fase de execução da pesquisa foi possível analisar macrocoscopicamente, os parâmetros clínicos em relação às variáveis: quemose, hiperemia conjuntival, opacidade da córnea, opacidade da lesão/enxerto, pigmentação, vascularização, blefarospasmos, fotofobia, dor, secreção ocular e tingimento pela fluoresceína. Assim, nos animais do grupo CT foi evidenciada opacidade da córnea, e não observadas vascularização e blefarospasmos. Já, no grupo GE essas mesmas variáveis, foram diagnosticadas, com intensidade de forma leve a severa. Fotofobia, secreção, hiperemia conjuntival e dor foram constatadas nos dois grupos avaliados, no entanto, estes sinais foram de forma leve e de curta duração nos animais do grupo CT, enquanto no grupo GE, se apresentaram com intensidade moderada a severa. A reepitelização da córnea, avaliada pela ausência de tingimento pela fluoresceína, ocorreu mais precocemente nos animais do grupo CT, em média aos 8 dias; enquanto nas coelhas do grupo GE ocorreu, em média, em 11 dias pós-operatório. A terapia com infusão com CTMMO-co subconjuntival, além de menos invasiva e de fácil realização, apresentou melhores resultados em relação à técnica cirúrgica do enxerto corneoconjuntival, comparando-se as variáveis de reparação precoce da camada epitelial da córnea, e ausência de vascularização da córnea, bem como nas outras variáveis avaliadas neste estudo. Conclui-se, então, que a infusão de células-tronco mesenquimais da medula óssea, por via subconjuntival em coelhos, pode ser indicada para o tratamento de úlcera de córnea profunda.