A caprinocultura no Nordeste tem importância sócio-econômico, porém é afetada por uma grande variedade de agentes patogênicos que causam perdas econômicas relevantes. As defensinas são peptídeos antimicrobianos que atuam na resposta imune inata, agindo contra diferentes microrganismos. O objetivo com este estudo foi identificar polimorfismos em parte do íntron 1, todo éxon 2 e na região terminal 3’ do gene Goat β-Defensin-1 em um rebanho da raça Anglonubiana localizado na região Nordeste Brasil. O gene foi amplificado por PCR a partir do DNA extraído de amostras de sangue de 187 animais. Os produtos foram sequenciados, alinhados e analisados. Foram encontrados doze polimorfismos, sendo oito na região do éxon 2 e dois em cada uma das demais regiões analisadas. As alterações foram em sua maioria do tipo transição (67%). Os SNPs do éxon 2 foram responsáveis por mudanças de aminoácidos em seis códigos genéticos. No 40º códon, o selvagem (ACC) que codifica o aminoácido treonina, foi encontrado sob variadas formas que codificam três diferentes aminoácidos (aspartato, alanina e asparagina). Dos 6 códigos genéticos alterados, as mudanças nos códons 25 e 33 afetaram a função proteica. A presença de famílias de meias-irnãs paterna contribuiu para os valores de Fis alto e positivo (entre 0,152 e 0,867) e 16,6% das possibilidades de pareamento entre os SNPs apresentaram desequilíbrio de ligação significativo (p<0,05). O escore corporal e a quantidade de oocistos de protozoários eliminado nas fezes diferiram significativamente entre animais com SNPs em duas posições no gene da defensina em caprinos. Os resultados deste estudo sugerem que SNPs são marcadores relevantes e podem contribuir para novos trabalhos sobre a influência da β-defensina I no sistema imunológico de caprinos.