A criação de caprinos e ovinos tem se expandido em todos os estados brasileiros e independentemente do objetivo da exploração tem muito a contribuir para o desenvolvimento socioeconômico do País. Entretanto, esses setores enfrentam constantes desafios, como a falta de informações e acesso a tecnologias. Dessa forma, antevendo as necessidades do mercado por inovações tecnológicas voltadas para a criação de caprinos e ovinos, objetivou-se com esta pesquisa desenvolver uma nova versão do software CAPRIOVI, com a implantação do método índice de seleção para identificar caprinos e ovinos de corte de maior potencial genético para características de interesse econômico e indicar a melhor combinação de acasalamentos tendo em vista a maximização dos ganhos genéticos e minimização da endogamia média do rebanho por meio de algoritmos de busca otimizada. A programação do software ocorreu no Laboratório de Engenharia de Software do Departamento de Informática da UFPI. O software foi desenvolvido para operação em rede via internet, construído em linguagem Java e Fortran. Para testar as rotinas desenvolvidas no software foram cadastrados 40 animais da raça Anglo nubiana (35 fêmeas e 5 machos). O método de seleção implementado foi o índice de seleção usando ganhos genéticos desejados, a partir das características Peso aos 120 dias de idade (P120), Idade ao Primeiro Parto (IPP), Peso Total das Crias ao Nascer (PTCN) e Peso Total das Crias ao Desmame (PTCD). A abordagem desenvolvida para solucionar o problema da orientação dos acasalamentos, consistiu do uso do algoritmo genético NSGA-II com função multiobjectivo, responsável por orientar as melhores combinações de acasalamentos. As ponderações estimadas para cada característica foram -0,91, 0,04, 11,67 e 0,59, respectivamente, para P120, IPP, PTCN e PTCD. Os maiores valores dos índices calculados foram para as fêmeas 11810, 94009, 91009 e para o macho 32212, encontrado valores de 22,68, 19,66, 18,41 e 12,77 nessa mesma ordem. Para se obter um maior agregado genotípico para as futuras progênies, é recomendado o acasalamento do macho 32212 e as fêmeas 94009 e 91009. As progênies resultantes dessas combinações de acasalamentos terão índice médio de 15,90 e zero de endogamia em relação ao rebanho analisado. O software mostrou-se adequado a resolução do problema proposto.