Banca de DEFESA: ANA PAULA SOARES E SILVA

Uma banca de DEFESA de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: ANA PAULA SOARES E SILVA
DATA: 14/08/2024
HORA: 14:00
LOCAL: Núcleo de Pós-Graduação do CCA
TÍTULO: ESTRATÉGIAS PARA IMPLEMENTAÇÃO DA SELEÇÃO GENÔMICA EM OVINOS DE CORTE: UM ESTUDO DE SIMULAÇÃO
PALAVRAS-CHAVES: Herdabiidade, Imputação, Ovino, Predição Genômica, Simulação, SNP Chip
PÁGINAS: 87
GRANDE ÁREA: Ciências Agrárias
ÁREA: Zootecnia
SUBÁREA: Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
RESUMO:

A genômica revolucionou os programas de melhoramento genético animal e garantiu importantes ganhos produtivos em características de interesse econômico. Nesse aspecto, a simulação de dados otimizou o desenvolvimento de métodos genômicos. Isso devido proporcionar avaliação de cenários que imitam populações reais a baixo custo e menor tempo. Neste estudo, objetivou-se investigar estratégias de implementação da seleção genômica em ovinos por meio do uso da simulação de dados com foco em programas de melhoramento de ovinos em regiões/países em desenvolvimento, como o Nordeste do Brasil. Cenários de imputação de genótipos e predição/seleção genômica foram investigados. No capítulo 1, por meio de dados gerados com o software QMSim foram simulados 16 cenários utilizando duas herdabilidades (0,10 e 0,30), números de animais genotipados (1K e 20K) e estruturas de rebanho (com e sem troca de reprodutores). A imputação foi executada de um SNP chip de baixa densidade (6K) para um chip de média densidade (50K). Dentro de cada cenário gerado foram realizados dois métodos de imputação, um populacional e outro que considera a informação de família (pedigree), totalizando 32 cenários. Os resultados foram comparados usando a acurácia de imputação de SNPs e indivíduos, através da correlação entre as matrizes padronizada dos genótipos imputados e reais. Verificou-se que as acurácias de imputação de SNPs variaram de 0,922 a 0,96 nos cenários com tamanho efetivo maior e de 0,927 a 0,944 nos tamanhos efetivos menores. Nos cenários com maior número de animais genotipados as médias de acurácia variaram de 0,943 a 0,96 e de 0,922 a 0,934 nos cenários com menos animais genotipados. O uso de diferentes estruturas de rebanhos resultou em acurácias de imputação semelhantes. Os resultados de acurácia de imputação de indivíduos foram semelhantes aos de acurácia de imputação de SNPs descritos anteriormente. Observou-se menor dispersão da acurácia de imputação de SNPs nos cenários com maior Ne, assim como também nos cenários em que houve maior quantidade de animais genotipados. Os cenários de imputação avaliados foram eficientes e permitiram obter acurácias de imputação maiores que 0,90 em todos os cenários avaliados. No capítulo 2, todos os cenários criados anteriormente com a herdabilidade 0,10 foram utilizados para análises de predição genômica, no intuito de avaliar o efeito das estratégias de imputação sobre as acurácias de predição. O método single-step GBLUP foi utilizado para a predição dos GEBVs usando ambos os genótipos imputados e reais. Para as medidas de validação, a acurácia de predição foi obtida pela correlação de Pearson entre o TBV e o GEBV na população de validação. O viés de predição foi avaliado pela diferença entre a média do GEBV e TBV e a dispersão dos GEBVs foi medida como 1 menos o coeficiente de regressão do TBV sobre o GEBV. As médias dos cenários foram comparadas pelo de Tukey a 5%. Os resultados mostraram que a comparação entre diferentes cenários imputados mostrou diferenças nas três métricas pelo teste de Tukey a 5%. Maiores médias de acurácias foram observadas nas populações com maior porcentagem de troca de reprodutores (0,85) e menores médias ocorreram nas populações sem troca (0,41). Houve tendência de aumento do viés nas populações sem troca de reprodutores (-18,51) e menores vieses foram observados nas populações com troca (-13,26). As dispersões foram relativamente baixas em todos os cenários avaliados. Os cenários de predição avaliados tiveram melhores valores de acurácia, viés e dispersão quando se tinha maior proporção de troca de reprodutores. A imputação dos genótipos não afetou a predição dos valores genéticos genômicos.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1550485 - JOSE LINDENBERG ROCHA SARMENTO
Interno - 1737174 - FABIO BARROS BRITTO
Interno - 2993761 - NATANAEL PEREIRA DA SILVA SANTOS
Externo à Instituição - ANDRÉ CAMPÊLO ARAUJO - NENHUMA
Externo à Instituição - GLEYSON VIEIRA DOS SANTOS - UESPI
Externo à Instituição - JOHNNY IGLESIAS MENDES ARAUJO - SEDUC-GO