A ovinocutura de corte no Brasil tem sido um setor de grande potencial, impulsionado por um mercado interno em expansão e um rebanho que atingiu 21,51 milhões de cabeças em 2022. Dentre as raças ovina, a Santa Inês é uma das mais adapatadas a região Nordeste. O estudo da estrutura genética populacional dessa raça é fundamental para identificar fatores que influenciam o histórico genético, descrever a evolução da endogamia, entender o relacionamento genético entre indivíduos e monitorar a diversidade genética. A perda de diversidade genética pode resultar em um platô na produção e na perda de aptidão ou viabilidade na produção animal. Assim, esta pesquisa objetivou avaliar a estrutura genômica populacional da raça, bem como identificar ilhas de ROH relacionadas a seleção. O arquivo genotípico continha 390 animais e 52.744 marcadores SNP. Foram avaliados seis rebanhos que apresentaram índices de diferenciação populacional (Fst par-a-par) variando entre 0,0342 e 0,0938. Estimativas de fluxo gênico demonstraram valores alto, variando entre 0,89 e 1 (Nm), entre os rebanhos 2 e 3, que são da mesma cidade. Os valores médios para endogamia (Fis) e índices de diferenciação genética (Fst) foram -0,05 e 0,06 respectivamente, observados na estatística F. Esses resultados indicam que a variabilidade genética está concentrada dentro das populações. Após as simulações usando o método de agrupamento bayesiano, o número de grupos genéticos (K) mais provável detectado foi igual a 5, onde os rebanhos 4 e 6 formam um único grupo. As análises de ROH identificaram uma assinatura de seleção para os cinco grupos genéticos no cromossomo 16. As análises foram repetidas considerando apenas os animais que apresentaram probabilidade ≥ 50% de pertencer ao mesmo grupo. Com esta abordagem foram encontradas 8 regiões em assinatura de seleção nos cromossomos 2, 3, 6, 7, 12, 16, e 18. Pode-se concluir que as amostras dos seis rebanhos formam cinco populações genéticas com um nível de diversidade que tem sido conservado. Os genes encontrados na região em assinatura de seleção do cromossomo 16 estão ligados a diversas funções, incluindo características de produção de leite e gordura, imunidade, metabolismo e regulação do ciclo celular. A genômica comparativa permitiu comparar as regiões em assinatura com as espécies Bos taurus, Homo sapiens, Mus Musculus e Sus scrofa. Os genes TMEM140, PARL, TPM3, MTHFD2, KBTBD13 são genes candidato a características relacionadas ao sistema imune, de apoptose, fibra muscular, e processos antitumorais.