O câncer de mama é a neoplasia que mais afeta mulheres em todo mundo, sendo uma doença de etiologia desconhecida e multifatorial, cujo principal fator de risco são as alterações genéticas. O polimorfismo do gene do Fator de Runt 3 (RUNX3) tem sido foco de estudos recentes, devido a uma provável associação com a angiogênese no câncer. Na variante polimórfica rs906296 do RUNX3, assim como, em toda família RUNX, esse gene tem papel fundamental na regulação dos processos celulares e tem relação com diversas vias de sinalização celular mais comumente alteradas no câncer, tornando o estudo com base nessa variante atrativo para pesquisas relacionadas a etiologia do câncer de mama. Objetivo: Avaliar a associação entre o polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) rs9062996 do gene do RUNX3 e o risco de câncer de mama. Pacientes e Métodos: estudo transversal controlado, envolvendo 138 mulheres, conforme dimensionamento amostral, divididas em dois grupos: grupo I (caso, n=69, mulheres com câncer de mama), e grupo II (controle, n=69, mulheres sem câncer de mama). Participaram do estudo, mulheres atendidas no Ambulatório de Mastologia do Hospital Getúlio Vargas (HGV/UFPI) e no Hospital São Marcos. O sangue periférico foi coletado das participantes para estudo do DNA genômico, extraído de leucócitos e submetido à técnica de genotipagem por Reação em Cadeia da Polimerase em tempo real (RT-PCR). Resultados: A frequência do genótipo C/G (rs906296) foi observada em 27 pacientes (39,13%) no grupo caso e 24 (34,79%) no grupo controle (p=0.3779). A frequência do genótipo G/G (rs906296) foi de 39 (56,13%) no grupo caso e 41 (59,42%) no grupo controle (p=0.4903). Após estratificação por status menopausal, na pré-menopausa foram encontrados 24 pacientes (54,54%) no grupo caso e 28 (60,87%) no grupo controle para o alelo G/G com p = 0.5437, já o alelo C/G foram encontrados 18 pacientes (40,90%) no grupo caso e 16 (34,78%) no controle com p = 0.5490. Na pós-menopausa, para o alelo G/G foram observados 15 pacientes (60%) no grupo caso e 13 (56.52%) no controle (p=0.20), já o alelo C/G foram encontrados 9 pacientes (36%) no grupo caso e 8 (34,78%) no grupo controle (p=0,49). Conclusão: O presente estudou não evidenciou uma associação estatisticamente significante entre o polimorfismo rs906296 do gene RUNX3 com risco ao câncer de mama.