O controle biológico utilizando microrganismos endofíticos destaca-se como uma alternativa ecologicamente correta aos fungicidas químicos para o controle de doenças na agricultura, atuando por múltiplos mecanismos de ação sobre fitopatógenos. Neste trabalho, explorou-se o potencial de fungos endofíticos isolados de plantas de soja cultivadas no sudoeste piauiense como agentes de controle biológico de Colletotrichum truncatum. Os fungos endofíticos foram isolados de folhas e raízes de plantas de soja cultivadas no sudoeste piauiense e avaliados no biocontrole in vitro de C. truncatum COUFPI 224, pelo método de cultura pareada e pela atividade antifúngica de extratos orgânicos. As cepas com maiores porcentagens de inibição foram identificadas por técnicas moleculares e caracterizadas por metabolômica baseada em cromatografia líquida e espectrometria de massa e redes moleculares. Todos os isolados endofíticos obtidos de folhas e raízes de plantas de soja reduziram o crescimento micelial do patógeno, com destaque para FS29, FS30, FS42, RS11, RS32, RG6 e RG8, que apresentaram %inibição entre 82 e 91%. Extratos orgânicos dos endofíticos inibiram o crescimento de C. truncatum COUFPI 224, com máxima %inibição na concentração de 4,0 mg L-1. As cepas FS29, FS30, FS42, RS11, RS32 e RG8 foram identificadas como Aspergillus sp. e a cepa RG6 como Macrophomina phaseolina. Na análise metabolômica, foram anotados compostos das classes dos compostos fenólicos, alcalóides, nitrocompostos, terpenos, incluindo micotoxinas. Esses resultados destacam o potencial de biocontrole de cepas endofíticas isoladas de plantas de soja contra C. truncatum COUFPI 224, fornecendo suporte para pesquisas em andamento sobre o controle da doença na agricultura.