O Programa de Mestrado em Ciências e Saúde, recomendado pela CAPES em 2004, é de natureza interdisciplinar e destina-se a profissionais da área de saúde e de áreas afins. Assim, o curso geralmente recebe um grande número de dentistas, médicos, enfermeiros, psicólogos, fisioterapeutas, biólogos e biomédicos que se voltam para o curso a fim de gerar uma grande discussão a cerca dos trabalhos interdisciplinares, para a geração de dissertações que realmente contribuam para a resolução de problemas sociais. O Mestrado teve início setembro de 2004, com 15 alunos matriculados e, em setembro de 2005, ampliou o número de vagas para 20. Desde 2007 a entrada de novos mestrandos ocorre no primeiro semestre de cada ano, dentre os selecionados no segundo semestre do ano anterior. Em 2006 titulou 11 Mestres em Ciências da Saúde, 10 em 2007, 18 em 2008, 13 em 2009, e até setembro de 2010, 19. Em 2011 ingressaram 18 alunos e em 2012, 25. O Programa objetiva formar mestres em Ciências e Saúde, com capacidade de gerar novos conhecimentos e atuar nos campos da docência e da pesquisa, tão necessários no Piauí. Nessa perspectiva, o Programa fortalece a articulação entre a graduação, pesquisa e extensão; consolida a pesquisa científica no âmbito do CCS e da Universidade, favorecendo a expansão da base científica regional nas questões ligadas à saúde, bem como, a integração da UFPI com a sociedade piauiense.