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PPGZT-CCA040 - ANÁLISE DE DADOS NO MELHORAMENTO GENÉTICO ANIMAL - Turma: 01 (2021.2)

Tópicos Aulas
Aula 01 - Tabulação e edição de banco de dados para análise genética (04/11/2021 - 04/11/2021)
   Livro - Linear models for the prediction of animal breeding values 
https://masuday.github.io/blupf90_tutorial/index.html
Aula 02 - Efeitos aleatórios e Formação de Grupos de Contemporâneos (Efeitos fixos) (09/11/2021 - 09/11/2021)
Aula 03 - Uso do software para edição do banco de dados (Introdução ao uso do SAS) (11/11/2021 - 11/11/2021)

Como recurso computacional para análise dos dados, utilizaremos o software SAS.

Realize o cadastro para ter acesso ao software gratuitamente.

SAS OnDemand for Academics

Caso possuam alguma versão anterior do programa instalado (8.0 a 9.4) estas tbm poderão ser utilizadas (Preferencialmente a versão 9.0).

 

Aula - Introdução ao uso do SAS
https://drive.google.com/file/d/1IIHPWuDMAXst9dhnT27oeCX-m4ARbqYo/view?usp=sharing 

Aula - Renumerando o arquivo de pedigree com o SAS.

https://drive.google.com/file/d/1PtGkN0OpaWyfksNFFKT1uQaaHIEqZSgT/view?usp=sharing 

Aula - Revisão da renumeração do arquivo de pedigree e Ajustando os efeitos do Banco de dados

https://drive.google.com/file/d/12kCHx95UOChk3Aj67ytOuGabHX42fmFX/view?usp=sharing 

Aula - Gerando o arquivo de dados com os efeitos do modelo

https://drive.google.com/file/d/1zdABenTHc64PlZ-KaVyOCVUBQBjfRfuW/view?usp=sharing 

Aula - Análise genética unicaracterística (AC)

https://drive.google.com/file/d/1xiOjZYR67Qi-qPOZjdDy1jvR38eryE-s/view?usp=sharing 

Aula - Análise genética multicaracterística (AC e AP)

https://drive.google.com/file/d/185HpcF-xUSTjS_4o9tyHvR0SeFU0bhNr/view?usp=sharing 

Aula - Calculando a Acurácia (PARTE1)

https://drive.google.com/file/d/1C1Q9vkvpziINVIMvlxlWQPKO3ZHdjCuS/view?usp=sharing 

Aula - Calculando a Acurácia (PARTE2)

https://drive.google.com/file/d/1YnWMkqZ5CJE2yYPG97ciG_v5xf-zOxwy/view?usp=sharing 
Aula 04 - Renumeração da Matriz dos Numeradores do Coeficientes de Parentesco de Wright - Matriz A (Pedigree) (16/11/2021 - 16/11/2021)
  Arquivo utilizado na aula (09/11) para renumerar o pedigree dos animais 
Segue o Programa SAS que utilizamos para renumerar o pedigree dos animais.
Aula 05 - Equações de Modelos Mistos (18/11/2021 - 18/11/2021)
  Aula 18/11 
Arquivo com o código completo para característica AC.
Aula 06 - Modelo Animal e BLUP (23/11/2021 - 23/11/2021)
  Arquivo no formato txt com o Pedigree 
Pedigree Completo (dadosSI) renumerado. Arquivo: ped.txt
  Arquivo no formato txt com os dados fenotípicos 
Dados da característica AC para análise unicaracterística. Sequencia do arquivo: Animal GC AnoNasc ClasseDeIdade Estado idade IdadeQ AC
  Cartão de Parâmetros para análise unicaracteristica 
Cartão de parâmetros para característica AC Modelo Animal - com 5 efeitos (4 Fixos e 1 Aleatório). OBS.: Não colocar comentários no cartão de parâmetros
Aula 07 - Softwares para estimação de Componentes de Variância e Predição dos EBVs dos animais (25/11/2021 - 25/11/2021)

As análises de avaliação genética serão realizadas com os programas da família BLUPF90. O download dos programas pode ser realizado no link abaixo.

Software – Animal Breeding and Genetics Group (uga.edu)
Aula 08 - Softwares para estimação de Componentes de Variância e Predição dos EBVs dos animais (30/11/2021 - 30/11/2021)

RENUMF90 - um programa de renumeração que também pode verificar pedigrees e designar grupos de pai desconhecidos; suporta grandes conjuntos de dados.

BLUPF90 - BLUP na memória.

REMLF90 – EM (maximização das esperaças) REML acelerado.

AIREMLF90 - Média de informações REML com várias opções, incluindo EM-REML e variâncias residuais heterogêneas (S. Tsuruta).

GIBBSF90 - implementação simples da amostragem de Gibbs - não genômica.

GIBBS1F90 - como acima, mas mais rápido para criar equações de modelos mistos apenas uma vez.

GIBBS2F90 - como acima, mas com amostragem conjunta de efeitos correlacionados.

GIBBS3F90 - como acima, com suporte para variâncias residuais heterogêneas.

POSTGIBBSF90 - estatísticas e gráficos para análise pós-Gibbs (S. Tsuruta)

THRGIBBSF90 - Amostragem de Gibbs para qualquer combinação de caracteristicas categóricas e lineares (D. Lee) - sem genômica

THRGIBBS1F90 - como acima, mas simplificado com várias opções (S. Tsuruta)

THRGIBBS3F90 - como acima com variâncias residuais heterogêneas para características lineares

INBUPGF90 - um programa para calcular os coeficientes de endogamia com pedigree incompleto (I. Aguilar).

SEEKPARENTF90 - um programa para verificar paternidade e descoberta dos pais usando marcadores SNP (I. Aguilar).

QCF90 - uma ferramenta de controle de qualidade em genótipos e informações de pedigree (Y. Masuda)

BLUPF90TEST (novo BLUPF90) - um programa combinado de blupf90, remlf90 e airemlf90: em teste

GIBBSF90TEST (new GIBBSF90) - um programa combinado de gibbs2f90, gibbs3f90, thrgibbs1f90 e thrgibbs3f90: em teste.

PREGSF90 - pré-processador genômico que combina relações genômicas e genealógicas (I. Aguilar)

POSTGSF90 - pós-processador genômico que extrai soluções de SNP após avaliações genômicas (single step, GBLUP) (I. Aguilar)

  Arquivo de dados para análise Multicaracterística 
Arquivo de dados AC e AP criado na aula do dia 30_11_2021
  Arquivo de pedigree 
Mesmo arquivo criado na primeira aula
  Cartão de Parâmetros para análise multicaracterística 
Cartão de parâmetros utilizado nas análises 30_11_2021
Aula 09 - Interpretação do resultados da avaliação genética (02/12/2021 - 02/12/2021)
Aula 10 - Interpretação do resultados da avaliação genética (07/12/2021 - 07/12/2021)
Aula 11 - Discussão de artigos (09/12/2021 - 09/12/2021)
  Artigo 1 - Leitura obrigatória para discussão em sala de aula 
Artigo de leitura OBRIGATÓRIA (Será discutido em todas as aulas).
Entrega do Exame de Avaliação da Disciplina (16/12/2021 - 16/12/2021)
    
Inicia em 09/12/2021 às 0h 0 e finaliza em 16/12/2021 às 23h 59
Frequências da Turma
# Matrícula NOV DEZ Total
04 09 11 16 18 23 25 30 02 07 09 14 16 21
1 2019100**** 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2 2021101**** 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3 2021101**** 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 4 4 4 4 20
4 2019100**** 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Notas da Turma
# Matrícula Unid. 1 Unid. 2 Unid. 3 Prova Final Resultado Faltas Situação
1 2019100**** 9,9 9,9 9,9 9.9 0 AM
2 2021101**** 0,0 0,0 0,0 0.0 20 RF
3 2021101**** 9,9 9,9 9,9 9.9 0 AM
4 2019100**** 9,9 9,9 9,9 9.9 0 AM

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Plano de Curso

Nesta página é possível visualizar o plano de curso definido pelo docente para esta turma.

Dados da Disciplina
Ementa: Analise de ponderação que otimiza a combinação de características para auxiliar no manejo genético de rebanhos de animais de interesse zootécnico, quanto a descarte e reposição de reprodutores e matrizes, a partir de informações fenotípica, genéticas e genômicas do rebanho e de banco de dados.
Objetivos:
Metodologia de Ensino e Avaliação
Metodologia: A disciplina será desenvolvida por meio de atividades online compreendendo aulas expositivas teóricas e práticas, assim como produções individuais e coletivas em sala de aula virtual.
Teórica – Aulas expositivas do conteúdo teórico com apresentação e análise de dados e interpretação de resultados referentes a situações práticas e comuns no âmbito do melhoramento genético animal.
Prática – Utilização de softwares adequados para diferentes análises voltada ao melhoramento genético animal.
Procedimentos de Avaliação da Aprendizagem: A aprovação no componente curricular está condicionada ao rendimento acadêmico do discente, mensurado por meio da avaliação do ensino-aprendizagem e da assiduidade às atividades didáticas, que implica a contabilização de sua carga horária durante o período letivo.
A avaliação do rendimento acadêmico será feita por meio do acompanhamento do desempenho do pós-graduando com aplicação de uma prova prática e escrita (CONFECÇÃO DE ARTIGO CIENTÍFICO) com o auxílio das ferramentas computacionais utilizadas na aula.
Além disso, serão considerados os seguintes aspectos:
i) participação nas atividades propostas;
ii) interesse, assiduidade, pontualidade e qualidade do trabalho produzido.
O registro do rendimento acadêmico será realizado individualmente, independentemente dos instrumentos utilizados. O rendimento acadêmico será expresso em valores de 0,0 (zero) a 10,0 (dez), variando até a primeira casa decimal.
Será considerado aprovado no componente curricular o discente que obtiver frequência igual ou superior a 75% (setenta e cinco por cento) da carga horária do componente curricular e média aritmética igual ou superior a 7,0 (sete) nas avaliações.
Horário de atendimento: Sexta-feira das 08:00 às 18:00
Bibliografia: INDICADA
HENDERSON, C. R. Application of linear models in animal breeding. Ghelph, 1984. 385p.
ISIK, F.; HOLLAND, J.; MALTECCA, C. Genetic data analysis for plant and animal breeding. North Carolina State: Releigh, 2017. 510 p.
KAPS, M.; LAMBERSON, W. Biostatistics for Animal Science. London: CABI Publishing, 2004. 256p.
KHATIB, H. Molecular and Quantitative Animal Genetics, Madson: WILEY Blackwell, 2015. 331p.
MRODE, R.A.; THOMPSON, R. Linear models for the prediction of animal breeding values, 2rd ed. London: CABI Publishing, 2014. 360p.
SAXTON, A. Genetic Analysis of Complex Traits Using SAS®. Cary, NC: SAS Institute Inc. 2004.

COMPLEMENTAR
CRUZ, C.D.; REGAZZI, A.J.; CARNEIRO, P.C.S. Modelos biométricos aplicados ao melhoramento genético. Viçosa: UFV. 2004.
MAGNUSSON, W.; MOURÃO, G.; COSTA, F. Estatística sem matemática: a ligação entre as questões e a análise. 2 ed. Londrina: PLANTA, 2015. 214p.
RESENDE, M. D. V. Matemática e estatística na análise de experimentos e no melhoramento genético. Colombo: Embrapa, 2007.
Cronograma de Aulas

Início

Fim

 Descrição
04/11/2021
04/11/2021
Aula 01 - Tabulação e edição de banco de dados para análise genética
09/11/2021
09/11/2021
Aula 02 - Efeitos aleatórios e Formação de Grupos de Contemporâneos (Efeitos fixos)
11/11/2021
11/11/2021
Aula 03 - Uso do software para edição do banco de dados (Introdução ao uso do SAS)
16/11/2021
16/11/2021
Aula 04 - Renumeração da Matriz dos Numeradores do Coeficientes de Parentesco de Wright - Matriz A (Pedigree)
18/11/2021
18/11/2021
Aula 05 - Equações de Modelos Mistos
23/11/2021
23/11/2021
Aula 06 - Modelo Animal e BLUP
25/11/2021
25/11/2021
Aula 07 - Softwares para estimação de Componentes de Variância e Predição dos EBVs dos animais
30/11/2021
30/11/2021
Aula 08 - Softwares para estimação de Componentes de Variância e Predição dos EBVs dos animais
02/12/2021
02/12/2021
Aula 09 - Interpretação do resultados da avaliação genética
07/12/2021
07/12/2021
Aula 10 - Interpretação do resultados da avaliação genética
09/12/2021
09/12/2021
Aula 11 - Discussão de artigos
16/12/2021
16/12/2021
Entrega do Exame de Avaliação da Disciplina
Avaliações
Data Descrição
09/12/2021 1ª Avaliação
14/12/2021 2ª Avaliação
16/12/2021 3ª Avaliação
: Referência consta na biblioteca
Referências Básicas
Tipo de material Descrição
Referências Complementares
Tipo de material Descrição
Notícias da Turma
: Visualizar

Título

Data
Aula Virtual (11/11) 11/11/2021
Inicio das atividades desta disciplina 03/11/2021
Início das atividades desta disciplina 22/08/2021

SIGAA | Superintendência de Tecnologia da Informação - STI/UFPI - (86) 3215-1124 | sigjb09.ufpi.br.instancia1 vSIGAA_3.12.1163 07/11/2024 21:17